日本原子力研究開発機構システム計算科学センター - システム計 …
WEBオープンソースコード「pimd」 † 通常の第一原理計算では扱えない、原子核の量子効果や、レアイベントのシミュレーションなど、高精度な量子計算に必要となる様々な計算手法を扱えるオープンソースソフトウェアPIMDを公開しています。
【内容一部公開】MDシミュレーションの初歩から実践まで――近刊『分子動力学法と原子 …
WEBOct 5, 2023 · オープンソースのmd計算プログラムの普及も手伝って、mdシミュレーションの論文の発表件数は年々増加の一途をたどっています。 mdシミュレーションでは、「原子間ポテンシャル」の選択が重要なファクターとなります。原子間ポテンシャルとは、 …
[Pythonによる科学・技術計算] やさしい分子動力学シミュレーション…
WEBSep 26, 2017 · 2次元原子系のmdシミュレーションを行い，粒子の時間発展を計算しアニメーションを作成します。 加えて，エネルギーや圧力といった各種物理量の時間発展の様子を調べます。
全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を全自動化するソ …
WEBNov 15, 2022 · 全原子古典分子動力学法による高分子物性計算の全自動化に成功した初のオープンソースソフトウェアRadonPyを公開 スーパーコンピュータ「富岳」等の計算資源を活用し、10万種類以上の分子骨格を包含する高分子物性データベースを開発するプロ …
全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を全自動化する ソ …
WEBNov 9, 2022 · 研究内容. RadonPy は、全原子 MD シミュレーションによる高分子物性計算を全自動化する世界初のオープンソースソフトウェアです。. RadonPy は、高分子の繰り返し単位とその化学構造、重合度、温度等の計算条件を入力とし、分子モデリング、電荷 …
分子動力学 | MateriApps(マテリアップス) 計算物質科学の研究者 …
WEB高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトvmdを使用する。
GENESIS – 生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分 …
WEBGENESIS. 生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。. 京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。. 全原子計算と粗視化モデル計算の両方 ...
GENESIS | 株式会社理研数理
WEBApr 25, 2022 · これによって、並列計算を最大限に高効率化することができ、「富岳」を用いることで最大10億個の原子を含む分子混雑環境のシミュレーションにも成功しています。. さらにGENESISは、レプリカ交換分子動力学法などの効率の良い構造探索アルゴリズ …
全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を全自動化する
WEBNov 9, 2022 · 全原子古典分子動力学法による高分子物性計算の全自動化に成功した初のオープンソースソフトウェアRadonPy 注1） を公開 スーパーコンピューター「富岳」などの計算資源を活用し、10万種類以上の分子骨格を包含する高分子物性データベースを開発す …
OVITO – 分子動力学用に開発された原子・分子の可視化のためのオープンソース …
WEBOVITO. 公開度：3 ★★★. ドキュメント充実度：3 ★★★. 分子動力学用に開発された原子・分子の可視化のためのオープンソースアプリケーション。. 多くの種類の分子配置ファイルに対応しており、原子・分子の可視化やアニメーション作成を行うことが ...
Skip to content